Anlagt ved naturhavn

I 1369 blev klostret placeret på den lave holm uden for Nykøbing, fordi adgangen til vandvejen var nem. Der er en naturhavn i klosterbugten, og her har man kunnet udskibe landbrugsprodukter og modtage varer fra den store verden. Når man kunne anlægge et kloster her, hænger det sammen med, at områdets storbønder og lavadel var rige nok til at bruge dets ho-spital. Munkene var meget dygtige læger og anvendte urter i deres medicin. Der var i alt seks johanniterklostre i Danmark, og moderklostret var Antvorskov ved Slagelse.

Fra kloster til museum

Ved reformationen i 1536 blev Dueholm til en herregård, og siden blev det altså museum. Museets hovedbygning, den flotte høje og hvidkalkede bygning, er bygget i to omgange. Den ældste del er middelalderlig og har fungeret som klostrets vandmølle. Den nyere del er bygget på i herregårdstiden, hvor bygningen var bolig for herremanden og hans familie. 

Miraklernes tid
 
Middelalderen er en tid, der ofte forbindes med krige, korstog, den sorte død og andre ulykker. Perioden, der varede mere end 500 år i Norden, var også fyldt med geniale opfindelser og store opdagelsesrejser; briller, knapper og gafler kom i brug og Amerika blev føjet til verdenskortet. Snabelsko, kortspil, persiske roser og citroner var modefænomener. 

Sommerudstillingen på Dueholm Kloster varer fra 1. juli til 23. oktober og hedder ”Miraklernes Tid”. Den handler om middelalderen på Mors og i resten af verden. Udgangspunktet er Johanniterordenens kloster på Dueholm, som blev grundlagt i 1369. Limfjordsfortællingen om Dueholm Kloster hver tirsdag kl. 11 er en rundtur omkring klosteret, hvor man både ser urtegården med forskellige lægeplanter og den arkæologiske udgravning af området, hvor klosterkirken har ligget.